L'origine de l’Espace d’Art Contemporain se situe dans le prolongement de la création du Centre d’études et de recherches (CER) qui a pour but, selon l’ordonnance cantonale l’instituant en 1986, de contribuer à la promotion de la culture jurassienne et à son rayonnement à l’extérieur du Canton et est destiné à mettre en valeur toute forme d’expression artistique représentative de la production contemporaine.

En pratique, le Gouvernement de la République et Canton du Jura a inscrit le projet au programme de la législature 1995-1998 et la Société des Peintres, Sculpteurs et Architectes Suisses (SPSAS)-section Jura- a pris l’initiative de s’adjoindre le concours de trois autres associations culturelles, c’est-à-dire la Société jurassienne d’Emulation, le Club jurassien des arts de Moutier et l’Institut jurassien des sciences, des lettres et des arts. Le groupe de travail constitué de la sorte a créé le projet, élaboré des statuts appelés à codifier le fonctionnement de l’espace d’art contemporain et a défini, avec les architectes, la conception d’équipement et d’aménagement des locaux installés en l’Hôtel des Halles. L’Espace d’Art Contemporain (les halles) ouvrait enfin ses portes le 27 mars 1998, avec un artiste suisse prestigieux : Balthasar Burkhard.